Er bestaan drie soorten stamceltransplantatie:
- Autologe stamceltransplantatie: hierbij worden bij de patiënt stamcellen verzameld om vervolgens na intensieve chemotherapie te worden teruggegeven. Een autologe stamceltransplantatie wordt meestal toegepast om een vorm van kanker te bestrijden middels een hoge dosis chemotherapie, maar kan ook ingezet worden bij een aantal auto-immuun ziekten, waaronder multiple sclerose. Omdat deze chemotherapie ook het beenmerg doodt, worden onbeschadigde stamcellen van de patiënt teruggegeven na de behandeling. De autologe stamceltransplantatie moet daarmee slechts worden gezien als een mogelijkheid om een zeer hoge dosis chemotherapie toe te dienen en de nevenschade van deze chemotherapie te verhelpen.
- Allogene stamceltransplantatie: hierbij worden bij een donor stamcellen verzameld om vervolgens aan de patiënt te worden gegeven. Deze methode wordt niet bij MS gebruikt.
- Syngene/isologe stamceltransplantatie: hierbij worden bij een identieke tweeling stamcellen verzameld om vervolgens aan de patiënt te worden gegeven. Dit is bij de behandeling van MS niet van toepassing.